Fakturace e-shopu 2026: Co musíte vědět a jak se vyhnout chybám

Spustili jste e-shop? Gratulujeme! Ještě než dorazí první objednávka, je potřeba si dobře nastavit fakturaci. Kdy a komu mám poslat fakturu? Co když zákazník platí předem? Nebo prodávám do zahraničí? A jak je to s DPH? V tomhle článku najdete jednoduché shrnutí všeho podstatného, užitečné tipy do začátku a praktický checklist na konci.

Obsah článku

• Jak chytře nastavit fakturaci e-shopu v roce 2026?
• Kdy a komu musím v e-shopu vystavit fakturu?
  • Kdy přesně fakturu vystavit?
• Co musí být podle zákona na faktuře vystavené v e-shopu?
• Jak automatizovat fakturaci e-shopu?
• Nejčastější situace, které při fakturaci v e-shopu řešíte
  • Situace 1: Zákazník platí předem
  • Situace 2: Zákazník platí na dobírku
  • Situace 3: Zákazník vrátil zboží a potřebuje dobropis
• Jak postupovat, když prodávám z českého e-shopu do zahraničí?
  • Prodávám běžným zákazníkům v rámci EU
  • Prodávám firmám v rámci EU
  • Prodávám mimo EU
• Nejčastější chyby e-shopů při fakturaci (a jak se jim vyhnout)
• Nejčastější otázky k fakturaci e-shopu
  • Stávám se plátcem DPH. Co se pro mě mění?
  • Jak mám postupovat, když zákazník zboží vrátí?
  • Jak mám fakturovat, když prodávám do zahraničí?
  • Jak dlouho musím faktury archivovat?
• Praktický checklist: Mám fakturaci v e-shopu správně nastavenou?

Jak chytře nastavit fakturaci e-shopu v roce 2026?

E-shop znamená každodenní radost z nových objednávek, ale taky faktury a papírování. Aby byli vaši zákazníci spokojení a vy jste se vyhnuli problémům při případné kontrole, musí fakturace šlapat jako švýcarské hodinky. Dobrá zpráva je, že to není složité. Existuje řada fakturačních nástrojů, které umí fakturaci vyřešit za vás.

Pojďme si projít to nejdůležitější pěkně krok za krokem. Než začneme, potřebujete vědět, jestli jste, nebo nejste plátcem DPH. Řada věcí totiž sice platí pro všechny, ale plátci DPH mají nějaké povinnosti navíc. Detailně je zmiňujeme rovnou v konkrétních situacích. A teď už jdeme opravdu na to. 😊

Kdy a komu musím v e-shopu vystavit fakturu?

Upřímně, záleží na tom, komu prodáváte. Firmy a živnostníci po vás budou chtít fakturu vždycky. U běžných zákazníků ji posílat nemusíte, pokud o ni sami nepožádají. V praxi ale e-shopy posílají faktury automaticky všem. Díky automatizaci to není žádná práce navíc a vy nemusíte řešit, kdo fakturu chce a kdo ne. Zákazníci ji od vás stejně většinou očekávají, třeba kvůli případné reklamaci.

Kdy přesně fakturu vystavit?

Tady platí jiná pravidla pro plátce a neplátce DPH. Pokud nejste plátce DPH, žádný konkrétní termín pro odeslání faktury dodržet nemusíte. V praxi je ale nejlepší zbytečně neotálet a vystavit fakturu hned po dodání zboží. Vy tak budete mít ve věcech pořádek a zákazník bude spokojený, protože se po faktuře nebude muset sám shánět.

Jestli patříte mezi plátce DPH, pak máte na vystavení faktury 15 dnů od takzvaného DUZP. To je zjednodušeně okamžik, kdy proběhl obchod. Prakticky to znamená datum, kdy vám buď peníze od zákazníka přišly na účet, nebo si zákazník převzal zboží zaslané na dobírku. Jak správně určit DUZP v konkrétních situacích, najdete v článku o DUZP.

Všechny vystavené faktury si musíte ukládat. Jak dlouho a v jakém formátu, najdete v článku o archivaci.

Co musí být podle zákona na faktuře vystavené v e-shopu?

Faktura je potvrzení, že proběhl obchod. Co na ní musí být, záleží hlavně na tom, jestli jste, nebo nejste plátce DPH a jestli vedete účetnictví. Co platí úplně pro všechny, je, že na každé faktuře musíte uvést informace o vás (jméno nebo název firmy, adresa, IČO).

Jako neplátce DPH, který nevede účetnictví, nemusíte teoreticky uvádět nic dalšího. V praxi to ale nestačí a je potřeba ještě doplnit základní informace o zákazníkovi a zboží. Pokud vedete účetnictví nebo jste plátce DPH, přidáváte na fakturu další údaje povinně. Pro snadnou orientaci jsme je pro vás shrnuli do tabulky. 👇 Kompletní přehled všeho, co nesmí na faktuře chybět, si můžete projít v článku o náležitostech faktury.

Jak automatizovat fakturaci e-shopu?

Je to velmi snadné. Přenechte fakturaci fakturační aplikaci (třeba Fakturoidu 🙂). I když zpočátku nejspíš zvládnete vystavovat faktury ručně, čím dřív si fakturaci nastavíte tak, aby běžela automaticky, tím líp. Ušetříte čas a vyhnete se chybám. Zákazníci navíc dostanou všechny doklady včas a budou spokojení.

Celý princip spočívá v tom, že propojíte svůj e-shop (třeba Shoptet, Shopify nebo WooCommerce) s fakturačním systémem. Ty spolu pak začnou aktivně komunikovat a zajistí hladký a hlavně automatický průběh celé fakturace.

Fakturační aplikace za vás mimo jiné:

• pohlídá, že máte na faktuře všechny požadované náležitosti,
• zjistí, jestli už zákazník fakturu zaplatil, a pošle mu upomínku či poděkování,
• automaticky spáruje příchozí platby s objednávkami,
• vystaví všechny potřebné doklady při platbě předem,
• vyexportuje na jedno kliknutí všechny faktury do účetního programu.

Jak propojit svůj e-shop s Fakturoidem

Většinou stačí plugin od vašeho e-shopu (Shoptet, Shopify, WooCommerce apod.) a propojeno máte za pár minut. Mrkněte na krok za krokem návod pro jednotlivé e-shopy, nebo rovnou na konkrétní nastavení přímo pro Shoptet, Shopify a WooCommerce. Máte vlastní e-shopové řešení? Propojení nastavíte pomocí API. Pokud si nejste jistí, jak na to, poproste o nastavení integrace vašeho vývojáře.

Nejčastější situace, které při fakturaci v e-shopu řešíte

Situace 1: Zákazník platí předem

Všichni chceme, aby co nejvíc zákazníků platilo předem – kartou rovnou v e-shopu nebo převodem. Je to rychlejší, bezpečnější a nemusíte řešit tolik nevyzvednutých zásilek. Jaké dokumenty potřebujete zákazníkům poslat? To záleží na tom, jestli jste plátce DPH, nebo ne.

Přijímáte platbu předem a NEjste plátce DPH

Pak je to jednoduché. Zákazník zaplatí buď rovnou v košíku, nebo převodem na základě výzvy k platbě, kterou mu po odeslání objednávky zašlete. Jakmile máte platbu na účtu, zboží mu odešlete a po převzetí mu pošlete běžnou fakturu bez DPH. Hotovo.

Přijímáte platbu předem a jste plátce DPH

Pak je to o trošku složitější, protože jenom s fakturou si nevystačíte. Zákazníkům potřebujete postupně vystavit tři dokumenty – proformu, daňový doklad k přijaté platbě a vyúčtovací fakturu. Pojďme se na celý postup podívat krok za krokem.

1. Proforma – Aby zákazník věděl, kolik má komu zaplatit, zašlete mu proformu (také se jí říká zálohová faktura). Ta není daňový doklad, jen podklad k platbě. Pokud zákazník zaplatí zboží rovnou v košíku přes platební bránu, proformu nevystavujete.

2. Daňový doklad k přijaté platbě – Jakmile vám peníze dorazí na účet, vystavíte do 15 dnů daňový doklad k přijaté platbě. Ten potvrzuje, že peníze už máte, a na jeho základě pak také odvádíte státu DPH.

   👉 Příklad

   Petr prodává počítače a je plátce DPH. Zákazník si u něj objednal notebook za 30 000 Kč vč. DPH a zaplatil online kartou 10. března. Petr mu musel do 25. března vystavit daňový doklad k přijaté platbě.

3. Vyúčtovací faktura – Ve chvíli, kdy má zákazník objednané zboží v ruce, mu zašlete vyúčtovací fakturu. Na ní odečtete zaplacenou zálohu včetně DPH a dopočítáte na ní, jestli má ještě něco doplatit. Musíte na ní také uvést odkaz na daňový doklad k přijaté platbě.

   👉 Příklad

   Notebook Petr zákazníkovi odeslal 12. března, takže do 27. března vystavil vyúčtovací fakturu na 30 000 Kč minus již zaplacená záloha 30 000 Kč. K úhradě tedy zbylo 0 Kč.

Detailně vysvětlujeme všechno, co se zálohových faktur týká, v článku o zálohových fakturách. A mimochodem, V moderních fakturačních systémech si můžete nastavit všechno automaticky. Systém pak ví, že vám přišla platba, a vytvoří a odešle potřebné doklady za vás.

Situace 2: Zákazník platí na dobírku

Ne každý zákazník chce platit předem. Dobírka je oblíbená alternativa, kdy zákazník zaplatí až při převzetí balíku. Z pohledu fakturace je to ta nejjednodušší varianta. Zboží odešlete čistě na základě objednávky, zákazník ho pak zaplatí přímo dopravci při doručení. Fakturu vystavujete až ve chvíli, kdy už má zákazník zboží u sebe. Pro plátce DPH je důležité vědět, že DUZP je v tomhle případě den převzetí a zaplacení.

Co když zákazník balík nevyzvedne? Pak se prodej neuskutečnil a vy fakturu nevystavujete.

Situace 3: Zákazník vrátil zboží a potřebuje dobropis

Může se stát (a často se stává), že zákazník zboží vrátí. Ať už odstoupí od smlouvy do 14 dnů nebo zboží reklamuje. Jak v tu chvíli postupovat? Pokud nejste plátce DPH, pouze stornujete původní fakturu nebo vystavíte dobropis bez DPH. Jde vám v tu chvíli hlavně o to, aby ve vašem účetnictví nevznikl chaos.

Jako plátce DPH musíte do 15 dnů vystavit dobropis (oficiálně opravný daňový doklad), který vám umožní vrátit zákazníkovi peníze. Co nesmí na dobropisu chybět, najdete v článku jak vystavit dobropis. Dobropis vystavujete i v případě, že potřebujete opravit chybu na původní faktuře, zrušili jste objednávku nebo jste zákazníkovi dali dodatečně slevu.

Jak postupovat, když prodávám z českého e-shopu do zahraničí?

Rozjíždíte prodej do zahraničí? Gratulujeme, to je skvělý krok! Fakturace do ciziny má řadu specifik a pravidel. Záleží hlavně na tom, kam posíláte zboží a komu. Jestli firmě, nebo běžnému zákazníkovi. Pojďme si to projít společně.

Prodávám běžným zákazníkům v rámci EU

V tomto případě je rozhodující unijní limit 10 000 EUR/rok, který platí souhrnně pro všechny státy EU a který si musíte hlídat. Do limitu fakturujete s českou DPH, po jeho překročení se musíte přes českou Finanční správu registrovat do systému OSS. Každý kvartál pak podáte přehled obchodů do EU a Finanční správa předá DPH příslušným státům.

Prodávám firmám v rámci EU

Když prodáváte firmě s platným DIČ v jiném státě EU, využíváte takzvanou přenesenou daňovou povinnost (známou jako reverse charge). V praxi to znamená, že fakturujete bez českého DPH a na fakturu uvedete "Daň odvede zákazník". Obchod pak vykážete v souhrnném hlášení.

Prodávám mimo EU

Při prodeji mimo EU zpravidla neodvádíte DPH, pokud doložíte vývoz celními doklady. Na faktuře pak uvedete částku bez DPH a poznámku o vývozu.

Při prodeji do zahraničí budete nejspíš fakturovat v cizí měně. Jak budete částku převádět na koruny? 👇

Nejčastější chyby e-shopů při fakturaci (a jak se jim vyhnout)

I když máte procesy dobře nastavené, při fakturaci se dá snadno udělat chyba. Tady jsou ty nejčastější přešlapy a doporučení, jak jim předejít.

1. Nesprávně určené DUZP patří mezi nejčastější chyby. Pozor si dejte hlavně na zálohy a datum odeslání zboží. Pokud si nejste jistí, pořiďte si fakturační nástroj, který DUZP určí správně automaticky.
2. Chybějící povinné údaje na faktuře postihují hlavně začátečníky. Moderní fakturační systémy vás na chybějící údaje upozorní, než fakturu odešlete.
3. Zmatek v dokladech u záloh je častý problém. Proforma není daňový doklad a po přijetí platby musíte vystavit daňový doklad k přijaté platbě. Teprve po odeslání zboží vystavíte vyúčtovací fakturu.
4. Potvrzení o platbě místo faktury je častý omyl. Potvrzení z platební brány ani od přepravce u platby na dobírku nestačí. Daňový doklad musíte zákazníkovi vystavit vy. Automatizujte proces tak, aby se faktura vygenerovala a odeslala zákazníkovi hned po zaplacení.
5. Překročený limit 10 000 EUR při prodeji do EU je past, do které snadno spadnete, když nesledujete celkový obrat. Ideální je mít systém, který za vás obrat hlídá a upozorní vás včas.
6. Archivace jen v e-mailu nestačí. Používejte fakturační systém, který faktury automaticky archivuje, pravidelně zálohujte data a ukládejte faktury v uznávaných formátech.
7. Špatný kurz při fakturaci v cizí měně je poslední častá chyba. Kurz netipujte ani nepoužívejte kurz z Google. Platný je pouze kurz ČNB k datu DUZP.

---

Nejčastější otázky k fakturaci e-shopu

Shrnuli jsme odpovědi na otázky, které se kolem fakturace e-shopu objevují nejčastěji.

Stávám se plátcem DPH. Co se pro mě mění?

Jakmile váš obrat za posledních 12 měsíců přesáhne 2 miliony korun, stáváte se plátcem DPH. Někdy se ale vyplatí přihlásit se k DPH dobrovolně. Třeba když nakupujete hodně zboží nebo služeb s DPH a chcete si daň uplatnit zpátky. Tady je rychlý přehled toho hlavního, co se pro vás mění. Detailně se DPH věnujeme v našem článku o DPH.

Jak mám postupovat, když zákazník zboží vrátí?

Jste-li plátce DPH, do 15 dnů vystavíte dobropis. Neplátci DPH můžou původní doklad jednoduše stornovat nebo vystavit opravný doklad bez DPH.

Jak mám fakturovat, když prodávám do zahraničí?

Při prodeji firmám v EU s platným DIČ používáte režim reverse charge(fakturujete bez DPH, daň odvede zákazník). U běžných zákazníků v EU odvádíte do limitu 10 000 EUR českou DPH. Jakmile limit překročíte, musíte se registrovat k OSS. Mimo EU fakturujete bez DPH, pokud doložíte vývoz celními doklady.

Jak dlouho musím faktury archivovat?

Plátci DPH uchovávají faktury nejméně 10 let od konce kalendářního roku, ve kterém je vystavili. U neplátců DPH je to zpravidla 5 let. Faktury můžete uchovávat elektronicky (PDF, ISDOC, PDF/A). Musí ale zůstat čitelné a prokazatelně nezměněné. Cloudové systémy (jako Fakturoid) se o to postarají automaticky.

Praktický checklist: Mám fakturaci v e-shopu správně nastavenou?

Na závěr si projděte tento checklist, pomůže vám se ujistit, že máte všechno v pořádku.